Hasta ahora he aprendido muchísimas técnicas de laboratorio, pero la mas importante durante este semestre para cumplir mis metas va a ser una reacción de PCR (Polymerase Chain Reaction) con “primers” nuevos. Esta reacción tiene como propósito amplificar una región de un plásmido que contiene el gen que codifica para GFP (Green Flourscent Protein) la cual ya hemos mutado en experimentos pasados. Pero esta vez la queremos amplificar desde el codón de iniciación así de esta manera podremos insertarla en un plásmido nuevo que vamos a utilizar que se llama pET-Blue1. Le doy un “3″ e estos momentos al progreso de mi investigación. Ya que he encontrado varios contratiempos, pero que se han podido lidiar con mucha comunicación entre el mentor y los demás estudiantes trabajando en el laboratorio.

Durante el verano tuve la oportunidad de viajar a Los Angeles, California donde realice una investigación en UCLA. Trabajé en el departamento de genética humana y la P.I. es la Dra. Katrina Dipple. Allí trabajé con siRNA para silenciar dos genes que se encuentran en el metabolismo de ácidos grasos. La experiencia fue una de mucho enriquecimiento. Bueno, ahora hablando de mi investigación en Puerto Rico durante este semestre planeamos hacer un PCR con el “primer upstream” nuevo para clonar a GFP. También, vamos a analizar la proteína mutante de GFP que obtuvimos durante el semestre pasado. Y por ultimo utilizar un vector nuevo para ver la expresión de los clones mutantes de GFP. El trabajo de este semestre es la secuencia de la investigación del semestre pasado. La técnicas de este semestre mayormente van a ser las mismas al semestre pasado, a excepción de la purificación y el análisis de la proteína.

Durante el semestre he aprendido varias tecnicas de genetica molecular y bioinformatica. He purificado plasmidio y transformado bacterias. Tambien, verificamos la secuencia de DNA de GFP usando varias herramientas de bioinformatica. El reto mayor ha sido el tiempo y la barrera fue el que no hubiesen salido las ordenes a tiempo de los materiales que pedimos  para agilizar la investigacion. Para superar la barrera tratamos de buscar otras vertientes para de esta manera no afectar la investigacion ya que un semestre es poco tiempo. Para el proximo semestre espero que tengamos todos los materiales para terminar la investigacion.

Durante este tiempo en mi laboratorio he aprendido varias tecnicas como lo es el preparar ampicilina, Caldo LB y placas LB/AMP, y hacer midi-preps de purificacion de plasmidio. La ampicilina se utiliza mayormente para crear medios selectivos, esto nos permite tener solmente las bacterias que tienen el plasmidio que le insertamos. Así, no tenemos contaminacion alguna en nuestros experimentos. La ampicilina se le añade al caldo LB y al LB con agar para hacer placas. El caldo LB y las placas LB/AMP se utilizan para sembrar y cultivar las bacterias. Y por ultimo, el midi-prep de purificacion de plasmdio lo utilizamos para verificar por medio de geles de electroforesis el tamaño de nuestro plasmidio y de esta manera asegurar que insertamos el plasmidio correcto. Ademas, utilizamos esta tecnica para enviar a secuenciar nuestro inserto en el vector de clonaje pGEM T-Easy. Con respecto a los blogs, es bueno interactuar con los compañeros, porque asi vamos conociendo mas acerca de lo que hacen en sus laboratorios y no nos quedamos aislados en el planeta BIO-Minds.

En la foto abajo están cuatro variantes de GFP que generamos utilizando el método de PCR. Las dos de arriba son en condiciones normal de PCR y la de abajo en la izquierda es la ronda #1 de PCR mutagénico y la de la derecha es la ronda #2 de PCR mutagénico ( La ronda #2 se obtuvo mutando nuevamente parte del producto de la ronda #1).

Ya en entradas anteriores he hablado de mi investigación. El trabajo en equipo es necesario en un laboratorio, esto se debe a que cada persona pone su granito de arena, porque una investigación no puede ser llevada acabo por una persona solamente. Lo más importante en un equipo es el escuchar las opiniones de los demás y respetarlas, también comprender a los compañeros. Lo más difícil hasta ahora ha sido el tener un horario en que podamos trabajar mucho tiempo juntos, porque este semestre todos los estudiantes en el lab. tenemos horarios distintos.

Mi investigación trata de crear organismo que puedan ser controlados genéticamente, a esto se lo conoce como ingeniería genética. Actualmente me encuentro generando y clonando mutaciones de la proteína floresente verde (GFP por sus siglas en ingles).Si desean saber mas acerca del tema pueden utilizar el link para ver un articulo acerca del tema.
Synthetic Life